項目活動的監(jiān)測是項目參與方按照項目設(shè)計文件所詳細描述的監(jiān)測計劃，在項目活動的執(zhí)行過程中，對有關(guān)溫室氣體減排的所有資料、參數(shù)等進行有目的、定期、可復查的記錄、收集和歸檔。按UNFCCC的定義，監(jiān)測是『為決定基準線、測量某CDM項目邊界內(nèi)的溫室氣體人類性排放和可適用的泄露，對全部的有關(guān)資料進行收集和存檔』。因此，注冊項目之前監(jiān)測計劃需要得到CDM執(zhí)行理事會的批準。如同基準線方法學，監(jiān)測方法也存在正常的『已批準監(jiān)測方法學』和適用于小規(guī)模項目活動的『簡化監(jiān)測方法學』。CDM的模式和程序允許項目參與方對監(jiān)測計劃進行不時的修改，但有關(guān)修改需要由DOE審定，并且有關(guān)監(jiān)測計劃的修改應在簽發(fā)CERs之前由項目參與方完成及DOE審定。

       核查是由『指定經(jīng)營實體』按正式的程序?qū)λO(jiān)測的溫室氣體減排進行定期和獨立的檢查和事后的確認。核證則是『指定經(jīng)營實體』出具書面文件，保證特定項目活動實現(xiàn)了所核查的溫室氣體減排量。核查的要點包括：檢查監(jiān)測報告是否滿足了已注冊批準的項目設(shè)計文件中的條件要求；檢查監(jiān)測方法學是否得到了準確的運用；如需要的話，執(zhí)行現(xiàn)場檢查或要求項目開發(fā)者提供更多的信息資料；給項目開發(fā)者推薦計入期內(nèi)任何可能的監(jiān)測修改及調(diào)整；最后決定CDM項目活動所產(chǎn)生的溫室氣體實際減排量。

       項目參與方需從DOE名單中選擇一家機構(gòu)來進行項目的核查和核證，并給相關(guān)DOE提交監(jiān)測報告。UNFCCC的官方文件中沒有要求監(jiān)測結(jié)果的更新頻率，但當前大多數(shù)項目開發(fā)者和參與方的通常做法，是每一年或者每半年完成一次監(jiān)測報告，交由DOE進行核查。然后，DOE把監(jiān)測報告制作成PDF格式并直接公布在UNFCCC的CDM網(wǎng)站上，標明監(jiān)測時段的起始日期。接著，DOE正式執(zhí)行核查并出具核查報告。在核查報告的基礎(chǔ)上，出具書面的溫室氣體減排的核證文件。最后，DOE會完成一份核查報告和一份核證報告并對外公開。核證報告中需聲明所核查的溫室氣體實際減排量。

       一旦完成核查與核證程序，項目參與方就可以開始推動CERs的簽發(fā)。首先，DOE應使用『遞交檢查與核證報告及提請簽發(fā)的CDM表格』,連同完成的核查、核證報告，通過UNFCCC的CDM網(wǎng)站上的特定電子提交工具，發(fā)送給執(zhí)行理事會秘書處。

       秘書處正式受理后15天內(nèi)，除非項目活動涉及方或至少3個執(zhí)行理事會委員提出審查，執(zhí)行理事會將指示CDM注冊官簽發(fā)特定時段具體數(shù)量的CERs，同時會告知項目參與方，并對外公布于UNFCCC的CDM網(wǎng)站上。

       如果執(zhí)行理事會拒絕簽發(fā)CERs的理由可通過修改核查核證報告等手段來解決，那么DOE還可以修改監(jiān)測報告，并提請對同一時間內(nèi)的CERs作第二次簽發(fā)，執(zhí)行理事會則會在下次會議中個案決定。如再次被拒，則沒有可能第三次提請簽發(fā)CERs。

       按照CDM項目模式和程序的規(guī)定，每次簽發(fā)CERs時作為CDM管理費用的『收益分配』應當完成，CERs的簽發(fā)才算生效。當然，項目注冊時已經(jīng)繳納的『預付』注冊費應當從中扣除。另外，所有CERs的2%部分將自動扣除劃撥到一個特殊賬戶，即所謂的『適應收益分配』賬戶，為支持那些特別容易受到氣候變化危害的發(fā)展中國家提供資金。在最不發(fā)達國家境內(nèi)開發(fā)和執(zhí)行的CDM項目活動，可以免除繳納此項費用。