根據(jù)2001年《馬拉喀什協(xié)定》，清潔發(fā)展機制項目從開始準備到實施，最終產(chǎn)生減排量，需要經(jīng)過以下主要階段：

　　項目設計：清潔發(fā)展機制項目的概念設計階段。 

　　參與國的批準：一個清潔發(fā)展機制項目進行注冊，必須由參加項目的每個締約方的國家清潔發(fā)展機制主管機構出具該締約方自愿參加該項目的書面證明，包括東道國指定的國家清潔發(fā)展機制主管機構對該項目可以幫助該國實現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展的確認。 

　　項目審定：相關的技術準備工作完成之后，項目企業(yè)選擇合適的獨立經(jīng)營實體（DOE），簽約并委托其進行CDM 項目的審定工作，基于項目開發(fā)者提交的項目設計文件，DOE對CDM項目活動進行審查和評價。 

　　項目注冊：如果獨立經(jīng)營實體DOE經(jīng)過審定，認為該CDM項目符合清潔發(fā)展機制項目的核實要求，它會以核實報告的形式向清潔發(fā)展機制執(zhí)行理事會提出項目注冊申請。如果執(zhí)行理事會的審查通過，該項目可以進行注冊。 

　　項目實施、監(jiān)測和報告：注冊之后，清潔發(fā)展機制項目就進入具體實施階段。項目企業(yè)根據(jù)經(jīng)過注冊的項目設計文件中的監(jiān)測計劃，對項目的實施活動進行監(jiān)測，并向負責核查和核證項目減排量的簽約經(jīng)營實體報告監(jiān)測結果。 

　　項目減排量的核查和核證：所謂核查：是指與項目企業(yè)簽約的經(jīng)營實體對注冊的CDM項目在一定階段的減排量進行周期性的獨立評估和事后決定。所謂核證，是指該指定經(jīng)營實體以書面的形式保證某一個CDM項目的活動實現(xiàn)了經(jīng)核實的減排量。根據(jù)核查的監(jiān)測數(shù)據(jù)，經(jīng)過注冊的計算程序和方法，經(jīng)營實體可以計算出清潔發(fā)展機制項目的減排量，并向執(zhí)行理事會提交核證報告。

　　CERs的簽發(fā)：CERs是指核準的溫室氣體減排量。指定經(jīng)營實體提交給執(zhí)行理事會的核證報告實際上就是一個申請，請求簽發(fā)與核查的減排量相等的CERs.